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慢性粒unibet白血病中的单unibet转录组:伪时间分析揭示了胚胎和过渡干unibet状态的证据。

发布时间:2020年4月28日DOI://doi.org/10.1016/j.exphem.2020.04.005

      强调

      • CML干unibet的转录异质性可能是耐药的起源 对TKI疗法
      • 我们在使用单unibet转录组分析之前评估了这种异质性 任何疗法。
      • 这项分析揭示了几种多能性基因的表达,例如SOX2和 纳诺
      • 伪时间分析显示出过渡状态的连续性与关键决策 点。
      • 在原发性CML白血病中证实了高水平的多能性基因表达 unibet。
      最近的实验数据表明,慢性粒unibet白血病的异质性 (CML)干unibet可能是产生独特分子事件的结果 从白血病干unibet的抗性和持久性方面的功能后果 unibet。为了探索这种现象,我们设计了一种单unibet转录组测定 同时表达87个基因。来自三个的高度纯化的CD34 +unibet 诊断时的CML患者被固定在微流控芯片中,其表达 在每个unibet中评估了87个基因。该分析确定了一组13个高度 连接的基因,包括NANOG,POU5F1,LIN28A和SOX2,平均代表 分析的unibet群为8.59%。校正后的生物信息学分析 确定的矩阵和t分布随机邻居嵌入(tSNE)算法 四个不同的簇,并且伪时间分析证实了七个 确定了四个簇中的干unibet状态。 ALOX5表达相关 表达多能性标记的unibet群。在体外分析中, 使用伪时间分析预测两个基因将经历相似的调控 发现(ALOX5和FGFR)被FGFR抑制剂ponatinib相似地抑制。 最后,在一个独立的CML患者队列中,我们发现了多能性基因 表达是诊断时CD34 + CMLunibet的共同特征。总体而言,这些实验 可以鉴定表达高水平多能性的单个CD34 +unibet 诊断时的基因,其中使用 伪时间分析。这些结果表明白血病干unibet的持久性 需要同时针对CML,而不是使用单一途径。
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